7 апреля — День памяти погибших подводников и 12 августа — день гибели АПЛ «Курск" — скорбные даты в истории Российского подводного флота отмечаются в храме Петра и Павла молитвой об упокоении душ погибших моряков-подводников. Горячая заупокойная молитва о тех героях, кто не имеет на земле ни места гибели, ни места захоронения, возносимая в храме Петра и Павла от всей полноты Церкви — это наша посильная дань благодарности и уважения бесстрашному служению. Бесчисленные имена, покрывающие Стену Памяти, это не просто чины, фамилии, лодки, — это живые люди, судьбы и вся глубина великодушного, благородного подвига.
«Каждое погружение — это маленькая смерть, каждое всплытие — это воскресение. Поэтому моряк — подводник всегда должен чувствовать и чувствует десницу Бога, милующую и спасающую" — отметил настоятель храма Петра и Павла протоирей Михаил Петропавловский в памятный день 16-й годовщины гибели «Курска».
В храме силами прихожан и добровольных помощников издана Книга Памяти, хранящаяся на аналое у Распятия — список всех погибших моряков-подводников за историю Российского подводного флота, начиная с 1904 года. Книга всегда открыта на дате текущего дня, и на её страницах можно прочесть имена героев-подводников, погибших именно в этот день. Ежедневно в заупокойной молитве поминаются их имена.